En su término se halló un útil pulimentado de la Edad de Bronce. Está documentado ya en 1056 como apellido locativo y la grafía “Eizco” que se conservaba todavía en el siglo XV.

Durante la Edad Media aparece inscrito en el valle de Aibar. Debió de predominar entonces la población hidalga. Los villanos y heredades de señorío realengo disminuyeron considerablemente: la Corona percibía en 1280 una pecha anual, 12 sueldos, 1 dinero, 5 cahíces, 1 robo, 1 cuartal de trigo, 12 cahíces y medio de cebada, y en concepto de cena 2 cahíces y medio de trigo y otros tantos de cebada; en 1427 se había reducido todo a 3 cahíces 1 robo de “pan meitadenco”
Hasta las reformas municipales de 1835-1845 gobernaban Izco el diputado del valle de Aibar, elegido por el que acababa de serlo, y los regidores, elegidos entre los vecinos del lugar. Tras la citada reforma, formó ayuntamiento con Ezprogui, Moriones, Gardaláin, Guetádar, Sabaiza, Loya, Julio, Usumbelz, y Arteta –en lo que pasó a llamarse luego ayuntamiento de Ezprogui- pero posteriormente –si es fidedigna la descripción que hacen algunas fuentes del siglo XIX- Izco volvió a segregarse de este conjunto y se incorporó al ayuntamiento de Ibargoiti.

En 1847 tenía escuela, dotada con 800 reales, que se reunían por pago de los discípulos y por reparto vecinal: el curato era de provisión de los vecinos; no tenía otros caminos que los locales y se recibía el correo desde Monreal tres veces por semana.

La parroquia de San Martín responde a la sencilla tipología rural de nave única y torre a los pies. De la antigua ermita de Nuestra Señora del Sagrario, utilizada desde 1847 como dependencia del cementerio, procede una talla románica de la Virgen, muy retocada en rostro y manos
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